El Colegio San Marón no solo ofrece las materias definidas por el Ministerio de Educación para el ciclo básico común (a saber: lengua, matemática, historia, geografía, biología, educación física, entre otras), sino que además agrega materias extraprogramáticas que tienden a reforzar los conocimientos y habilidades de los alumnos en esta primera etapa del secundario, tales como taller de lectura y escritura, taller de informática y catequesis.
A partir del tercer año, el Colegio San Marón propone un ciclo orientado en Ciencias Sociales que se va consolidando de manera gradual durante tercero, cuarto y quinto año. Durante este período, los estudiantes continúan cursando materias del tronco común, como lengua, matemática y ciencias, y a su vez se incorporan materias específicas de la orientación, tales como sociología, psicología, filosofía, historia orientada, historia latinoamericana, epistemología e introducción a las ciencias sociales.
A lo largo de los cinco años de secundaria, el Colegio San Marón ofrece el idioma inglés dividido en dos niveles, avanzado y básico, para que los alumnos puedan estudiar según sus conocimientos previos de manera cómoda y productiva.
En informática, el colegio dedica horas adicionales para profundizar el conocimiento de lenguajes y herramientas informáticas, superando la carga horaria mínima establecida, con el objetivo de preparar mejor a los estudiantes para el mundo digital actual.
Durante toda la formación en el Instituto San Marón, las actividades extracurriculares juegan un papel fundamental para complementar el aprendizaje académico. Estas propuestas brindan a los estudiantes espacios para desarrollar habilidades sociales, creativas y deportivas, fomentando su crecimiento integral.